1937-ben A féltékenyek című kétkötetes műve folytatja A zendülőkkel megkezdett regényfolyamot a Garren család történetéről. Az értékteremtés, a múlt visszahívása, a család alkotó, jelent formáló ereje – valamennyi az Egy polgár vallomásaiban megfogalmazódó témákat eleveníti fel. A négy évszak című, 1938-as kötete egyértelműen az író elvonulását, elzárkózását mutatja, menekülését egy biztonságos „magatartásba”, a sztoicizmusba és a tökéletességig csiszolt mondatokba. Február elején a Kisfaludy Társaság tagjává választják. 1939. február 28-án megszületik kisfia, Kristóf, aki mindössze néhány hetet él: az író fájdalmát az Ujjgyakorlatok című versciklus 3. verse őrzi. Hivatalosan ebben az évben, néhány nappal fia halála után veszi fel az ősei emlékét hordozó Grosschmid név helyett a Márait.
A 40-es évek, az előző évtizedhez hasonlóan, gazdag írói termést jelentenek az életműben. Vendégjáték Bolzanóban (1940) című regénye Casanova történetével válaszol élet és kaland viszonyára. Első színpadi alkotása, a Kaland, melyet október 17-én mutatnak be a Nemzeti Kamaraszínházban. Páratlan sikerét mutatja, hogy idehaza több száz előadást megért és Európa szinte valamennyi nagyvárosában bemutatták, Németországban még az ötvenes években is több helyen játszották. Az író humanista szemléletével teljességgel összeegyeztethetetlen a háború, ezért is születik meg Párizs elfoglalásának hírére a Kassai őrjárat című műve, melyben – gyermekkora egykori helyszíneit felkeresve – a háborús felelősség kérdését elemzi.
Az egyre tombolóbb háború az írót még inkább befelé fordítja, ezért 1942-ben megjelenő művei útkeresésről, jövőkeresésről, az igazi értékek újrafogalmazásáról szólnak. Az Ég és föld című kötet rövid, esszészerű miniatűröket tartalmaz. Röpirat a nemzetnevelés ügyében című tanulmányában a háború utáni nevelési feladatokat próbálja meg felvázolni. Írása nyomán nagyon sok támadás éri, pedagógiai és politikai vonalon egyaránt.
A gyertyák csonkig égnek című, immár világhírű regénye szerint a világ elleni védekezés csak elzárkózással lehetséges. Szerkesztésének eredetisége adja a mű fajsúlyos légkörét: az író több más művéhez hasonlóan ebben sem a külső történések, hanem a belső lelki folyamatok a lényegesek. Ugyancsak 1942-ben lesz a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagja.
1943-ban megjelent művei tovább mélyülő befelé fordulásról, a túlélés lehetőségeit keresésről tanúskodnak. Mindennek kiváltója lehetett az év első felében jelentkező súlyos ideggyulladása is, mellyel hosszabb ideig kórházi kezelésre szorul. Elnyeri az Akadémia Szabó Károly-jutalmát, decemberben (valószínűleg említett betegsége miatt csak ekkor) megtartja székfoglalóját a Magyar Tudományos Akadémián. Füves könyv című kötete gyógyír a kor, a háború, a magány ellen: sikerét az aforisztikus megfogalmazás, a témák sokszínűsége és találó, bölcs tanácsként megfogalmazása adja.
Nehéz döntésre szánja el magát, amikor 1944. március 19-én bevonulnak a német csapatok: abbahagyja az újságírást. Feleségével Leányfalun várják meg a háború végét. Mikó utcai lakását bombatalálat éri, gyakorlatilag teljesen elpusztul: Budapest egy másik kerületébe, a Zárda utcába költözik, itt élnek 1945 végétől 1948 augusztusáig. 1945-ben először Verses könyve jelenik meg, ezt követi a Napló (1943-1944), mely Márai egyik legszínvonalasabb és legolvasottabb műve. Vallomásait, elmélkedéseit itt folytatja, s szinte kiapadhatatlan tárháza az élettel és irodalommal kapcsolatos találó megállapításoknak.
1946-ban elfogad egy nyugat-európai meghívást, de útjáról mély megdöbbenéssel tér haza, erről szól 1947-ben napvilágot látott kötete, az Európa elrablása. Amit útja során lát, az kiábrándítja, mert Nyugaton elrabolták a hivatástudatot. Az egyre diktatórikusabb magyarországi szellemi-politikai légkör lassan megérleli benne az elhatározást, hogy elhagyja az országot, ahol már nem alkothat szabadon. 1947. június 3-án mintegy záróakkordként a Magyar Tudományos Akadémia belső tagjává választja az írót. Utolsó két kötete, amely még idehaza megjelenik a Sértődöttek első (A hang) illetve második (Jelvény és jelentés) része, a harmadik kötetet (Művészet és szerelem) raktárba viszik, majd bezúzzák. Ebben az évben örökbe fogadnak és az emigrációba is magukkal visznek egy hat éves fiút, Babócsay Jánost, akivel még Leányfalun találkoztak.
Magyar író akartam lenni és otthon, magyarul akartam írni, a nép nyelvén, amelyhez tartozom. De az író, – ha lelkében ellenállt, – a kommunista társadalomban hamarosan eretnekké változott – írta naplójába Márai. Nem vállalta ezt az eretnekséget, ezért családjával 1948. augusztus 31-én elhagyta Magyarországot.
